В фильме Мумия возвращается в 3067 году до н. э. жестокий воин, известный как Царь скорпионов, ведёт свою армию в поход, чтобы завоевать мир. Семь лет спустя его армия потерпела поражение при Фивах и была оттеснена в священную пустыню Ам-Шер, где его люди, один за другим, умирали от зноя, пока в живых не остался лишь сам великий воин. Умирая, Царь скорпионов заключает сделку с богом смерти и темноты Анубисом: если Анубис пощадит Царя скорпионов и дарует ему возможность одолеть врагов, то Царь скорпионов отдаст Анубису свою душу и построит в его честь великий храм — пирамиду из чистого золота. В знак сделки он съедает выползшего из песка скорпиона. Анубис снизоходит к мольбе и сохраняет Царю скорпионов жизнь. Пустыня Ам-Шер превращается в оазис, чтобы скрыть пирамиду Царя скорпионов и Анубис ставит его во главе своей армии демонических воинов-полушакалов. С помощью армии Анубиса Царь скорпионов завоёвывает Фивы, мстя за своё поражение, и древнеегипетское божество навеки забирает его душу себе в услужение. Армия Анубиса возвращается в пески, из которых она вышла и впадает в спячку, покорно ожидая своего возрождения.
В 1933 году Рик и Эвелин О’Коннеллы в древнем храме Египта находят браслет Анубиса, который ранее носил Царь скорпионов. Его в Лондоне из любопытства надевает их восьмилетний сын Александр и тот показывает ему видение мифического оазиса Ам-Шер. Теперь у Алекса есть семь дней, чтобы добраться до оазиса, прежде чем браслет убьёт его, когда солнечные лучи коснутся вершины пирамиды Царя скорпионов.
Эвелин захвачена египетским культом, который воскрешает Имхотепа; они хотят использовать его силу, чтобы победить Царя скорпионов, давая ему командование армией Анубиса, чтобы захватить власть над миром. Культ, возглавляемый Балтусом Хафезом, куратором Британского музея, включает в себя воина по имени Лок-На и Милу Наис, последняя является реинкарнацией любовницы Имхотепа Анк-су-намун. Рик отправляется спасать Эвелин в сопровождении брата Джонатана Карнахана и вождя меджаев Ардета Бея.
Хафез пытается принести в жертву Эвелин, но завязывается драка между Риком и Имхотепом. Имхотеп пробуждает мумифицированных солдат, чтобы убить Рика и других. Освободив Эвелин, они бегут на двухэтажном автобусе. Алекс похищен Лок-На, и вместе с культом путешествует в Египет. О’Коннеллы преследуют злодеев вместе с помощником Рика из прошлых приключений, Иззи Баттонсом, пилотом, который обеспечивает группу газовым дирижаблем.
Браслет дает Алексу направление к Ам-Шеру, и они едут туда на поезде. Алекс оставляет подсказки для своих родителей (например, сделанные из песка храм Исиды на острове Филе и великий храм Абу-Симбел), которые следуют на дирижабле Иззи. Имхотеп использует Книгу Мертвых, чтобы дать Миле Наис душу Анк-су-намун, но непреднамеренно позволяет Эвелин восстановить ее воспоминания о своей предыдущей жизни: в прошлом она была принцессой Нефертити, хранительницей браслета и родной дочерью фараона Сети I; Рик является меджаем, которому доверена её жизнь (о чём свидетельствует священное клеймо на правой руке Рика); Вместе с Алексом, носителем браслета, они составляют три грани пирамиды и когда браслет достигнет пирамиды, он пробудит Царя скорпионов, который в свою очередь призовёт армию Анубиса для захвата мира (это было предопределено тысячи лет назад).
Когда Лок-На уличает Алекса в оставлении родителям очередной подсказки, Имхотеп создаёт стену из нильской воды, которая атакует дирижабль, заставляя О’Коннеллов упасть в джунгли Ам-Шера, несмотря на применение реактивных ускорителей. Иззи остается с дирижаблем, чтобы починить его. О’Коннеллы нападают на культ, и обе группы подвергаются нападению мумий-пигмеев, вооружённых кинжалами, копьями и духовыми трубками. Рик выручает Алекса, а Ардет убивает Лок-На в яростном поединке. Они бегут от пигмеев, которые убивают культ, за исключением Балтуса, Имхотепа и Анк-су-намун.
Рик и Алекс добираются до пирамид до рассвета, где браслет отделяется от руки Алекса. Ардет перегруппировывается с меджаями на случай возрождения войска Анубиса. Эвелин смертельно ранена Анк-су-намун. Балтус надевает браслет и возрождает Армию Анубиса (хоть нечто в замочной скважине и срывает всю плоть со скелета его руки). Силы Имхотепа забирает Анубис, заставляя его сражаться как смертный. Рик находит Имхотепа, призывающего Царя скорпионов, и сражается с ним, но Царь скорпионов (представший перед соперниками в облике гигантского человека-скорпиона) прерывает их, и Имхотеп, притворяясь слугой Царя, утверждает, что Рик намерен убить его. В пустыне бушует жестокая битва между племенами меджаев и армией Анубиса. В ходе битвы между Риком и Царём скорпионов, Балтус попадает под «горячую руку» последнего и погибает. Джонатан и Алекс крадут Книгу Мертвых у Анк-су-намун и используют ее, чтобы воскресить Эвелин, которая противостоит Анк-су-намун, в то время как Алекс и Джонатан помогают Рику.
Скипетр, который Джонатан носил всё это время — это копьё Осириса, единственное оружие, которое может убить Царя скорпионов. Меджаи побеждают армию Анубиса, но понимают они только победили авангард — на них мчится более крупная волна шакалоголовых воинов. Джонатан и Алекс переводят скипетр в форму копья, и хотя Джонатан бросает его, а Имхотеп, перехватив его, чуть не наносит Царю скорпионов смертельный удар, Рику удаётся проткнуть им Царя скорпионов, отчего тот низвергается в Преисподнюю вместе со своей армией, в результате чего оазис начинает засасываться в пирамиду. Рик и Имхотеп висят над ямой, ведущей в Преисподнюю. Эвелин рискует собственной жизнью, чтобы спасти Рика, но Анк-су-намун отказывается от Имхотепа и пытается спастись сама. Ошеломлённый предательством возлюбленной, из-за которой он и стал мумией, Имхотеп опускает руки и падает в Преисподнюю. Анк-су-намун, пытаясь выбраться из пирамиды, падает в яму со скарабеями, которые съедают её заживо. О’Коннелы достигают вершины тонущей пирамиды, и Иззи прибывает с модифицированным дирижаблем и спасает О’Коннелов, когда оазис и пирамида исчезают (перед этим Джонатан успел забрать с вершины пирамиды алмаз). Ардет Бей салютует своим друзьям и они уходят в закат.