В фильме Обитель зла Последняя глава у доктора Джеймса Маркуса, основателя корпорации Umbrella, была дочь Алисия, которая умирала от Прогерии. Отчаявшись спасти ее, Маркус разработал Т-вирус. После того, как другой ребенок, лечившийся от вируса, умер, а затем ожил как бешеный зомби, Маркус попытался закрыть программу. Его партнер, доктор Александр Айзекс, убил Маркуса Альбертом Вескером, затем принял Алисию и принял Корпорацию.
После событий в Вашингтоне, Алиса просыпается после того, как Вескер снова ее предал. Появляется Красная Королева и говорит Алисе, что у нее есть 48 часов, чтобы проникнуть в Улей, в 400 милях к западу от И-64 в Раккун-Сити. Корпорация Umbrella разработала воздушный антивирус, который может убить каждый организм, зараженный Т-вирусом, но ждет, пока последние несколько тысяч человек будут уничтожены.
По пути в Раккун-Сити Алиса попадает в плен к Айзекам, узнав, что «Исааки», которых она ранее убила, были клоном. Она избегает его конвоя и достигает города Раккун, где она попала в засаду группы выживших: Док, Абигейл, Кристиан, Кобальт, Бритва и Клэр Редфилд, которые пережили нападение на Аркадию. Подъезжает колонна Исаака, преследуемая ордой зомби. Алиса и группа побеждают конвой, забирают несколько человеческих пленников Исаака и сжигают орду, хотя Кобальт убит. Алиса и команда заходят в улей, на дне кратера от ядерной бомбы, ранее сброшенной на город. Вескер, контролирующий Улей, выпускает мутировавших сторожевых собак, убивая Кристиана и освобожденного пленника.
Красная Королева предстает перед Алисой и объясняет, что ее программа находится в конфликте, поскольку она никогда не сможет причинить вред сотруднику Umbrella, но также должна ценить человеческую жизнь. Она играет видео с Исааком, объясняющим руководству Umbrella план по выпуску T-вируса, очищающего мир от человечества; многие из богатых и влиятельных, в том числе руководители компаний, хранятся в криогенных капсулах в Улей с намерением восстановить мир после последовавшего апокалипсиса. Красная Королева предупреждает Алису, что кто-то из ее группы помогает Амбрелле.
Группа сталкивается с несколькими ловушками, убивая Абигайль и Бритву. Алиса и Док сажают бомбы по всему Улью, от оставшегося оборудования оригинальной команды, чтобы исследовать Улей. Алиса противостоит настоящим, модернизированным, Айзекам. Док оказался шпионом Амбреллы, а Клэр захвачена Вескером. Открывается криогенная капсула, освобождая Алисию Маркус, совладельца Амбреллы и дочь Маркуса. Айзекс открывает Алисе, что она на самом деле является клоном Алисии, прежде чем объяснить свой план по устранению пары и установлению контроля над Амбреллой. Алисия стреляет в Вескера, позволяя Красной Королеве раздавить ему ноги защитной дверью. Док пытается застрелить Алису, но его пистолет пуст — как Алиса ранее выявила его предательство — и Клэр казнит его. После того, как Вескер дал выключатель мертвецу На заглушенных бомбах Алиса и Клэр преследуют Исаака, в то время как Алисия загружает копию своих детских воспоминаний.
Айзекс, Алиса и Клэр сражаются; Исаак одолел Клэр и напал на Алису в Лазерном коридоре, в конце концов победив ее, но она использует этот момент, чтобы активировать гранату в его кармане. Она выходит на поверхность с антивирусом, но Айзекс перезагружается и ловит ее, прежде чем она может выпустить его. Прежде чем он сможет убить ее, клон Исааков (из конвоя) прибывает и убивает его, считая себя первоначальным Исааком, но затем клон пожирает нежить. Алиса выпускает антивирус, убивая всех мертвецов вокруг нее, прежде чем она потеряет сознание. Вескер одновременно отпускает переключатель мертвеца, уничтожая себя, Алисию, Улей и спящую элиту Амбреллы.
Клэр пробуждает Алису, которая выжила, потому что антивирус убил только Т-вирус в ее теле, а не здоровые клетки. Красная Королева загружает воспоминания детства Алисии в Алису, давая ей детство. Алиса отправляется в Манхэттен, говоря, что антивирусу, переносимому только ветрами, понадобятся годы, чтобы добраться до всех уголков земного шара, и пока это не произойдет, ее миссия еще не завершена.