Фильм Люди Икс 2 начинается с того как в Белом доме промытый мозгом телепортирующийся мутант Nightcrawler пытается убить президента Соединенных Штатов, но прежде чем он может это сделать, его застреливают и отступает. Тем временем Росомаха исследует заброшенную военную установку на озере Алкали в Альберте, чтобы найти ключ к своему прошлому, но ничего не находит. У Джин были предчувствия и изо всех сил, чтобы сконцентрироваться, поскольку ее полномочия становятся все более и более трудными, чтобы управлять. Позже Росомаха возвращается в школу профессора Ксавьера для мутантов, а Ксавье выслеживает Ночного Гусеница с помощью Cerebro . Ксавье и Циклоп допрашивают заключенного Магнетоо нападении, в то время как Люди Икс Шторм и Джин Грей возвращают Найткроулера. Военный ученый полковник Уильям Страйкер подходит к президенту и получает разрешение на расследование особняка Ксавьера на предмет его связи с мутантами после недавней атаки. Силы Страйкера вторгаются в школу и похищают некоторых учеников. Колосс ведет оставшихся учеников в безопасное место, пока Росомаха, Разбойник , Ледяной и Пиро спасаются бегством, а помощник Страйкера Юрико Ояма захватывает Циклопа и Ксавьера. Во время нападения Росомаха противостоит Страйкеру, который обращается к нему по имени и, кажется, знает о его прошлом.
Изменяющий форму Мистик получает информацию о тюрьме Магнето и помогает ему сбежать, одновременно открывая схемы для второго Cerebro. Росомаха, Роуг, Айсман и Пиро навещают родителей Айсмена в Бостоне и встречаются с Штормом, Джин и Ночным Змеем. X-Jet атакован истребителями во время полета обратно в особняк и был сбит, но Магнето спасает их от падения. Магнето объясняет группе, что Страйкер построил второй Cerebro, чтобы использовать его, и Ксавье, чтобы телепатически убить каждого мутанта на планете. Сын Страйкера, Джейсон, является мутантом с контролирующими сознание силами, которые Страйкер будет использовать, чтобы заставить Ксавье сделать это. Страйкер также ранее использовал способности Джейсона, чтобы организовать атаку Ночного Кролика в качестве предлога для получения одобрения на вторжение в особняк Ксавьера. Магнето также говорит Росомахе, что Страйкер был человеком, который привил свой адамантиевый скелет к своим костям и несет ответственность за его амнезию. Джин читает мысли Nightcrawler и определяет, что база Страйкера находится под землей в плотине на озере щелочных.
Мистик, замаскированный под Логана, проникает на базу Страйкера. Она пропускает остальных мутантов, а Магнето и Мистик отключают Cerebro до того, как Ксавье с промытыми мозгами сможет активировать его. Шторм и Nightcrawler спасают захваченных студентов, и Джин борется с контролируемым разумом Циклопом; их битва освобождает Циклопа, но повреждает плотину, которая начинает разрываться. Росомаха находит Страйкера в лаборатории плавки адамантия и вспоминает, где он получил свой скелет адамантия. Росомаха сражается и убивает Юрико, затем преследует Страйкера на вертолетной площадке и приковывает его цепью к колесу вертолета. Магнето останавливает Серебро и, используя Mystique, выдавая себя за Страйкера, чтобы командовать Джейсоном, заставляет Ксавье перенаправить свои силы на обычных людей. Впоследствии они оба используют вертолет Страйкера, чтобы убежать, в сопровождении Пиро, который был склонен к взглядам Магнето.
Люди Икс спасаются от плотины, когда вода поглощает ее, убивая Страйкера, но Икс-Джет теряет всю мощь и изо всех сил пытается улететь, поскольку поток воды устремляется к ним. Жан сбегает от самолета и телепатически желает команде прощания. Она сдерживает воду и поднимает струю над ней, когда из ее тела вспыхивает пламя, пока она не отпускает и не дает паводку обрушиться на нее; предположительно убивает ее. Люди Икс дают президенту файлы Страйкера, и Ксавье предупреждает его, что люди и мутанты должны работать вместе, чтобы построить мир. Вернувшись в школу, Ксавьер, Циклоп и Росомаха помнят Джин, и Ксавьер начинает проводить уроки.